CoViD-19 : infos générales sur le virus et la pandémie

Mis à jour le Jeudi, 07 Mai 2020

 

NB du 28 février 2020 : Devant le développement de la maladie, nous n'avons gardé sur cette page que les informations générales sur le SARS-CoV-2 et le développement planétaire de la maladie CoViD-19. Toutes les informations pratiques pour (jeunes) médecins généralistes se trouvent désormais sur une page dédiée.

NB du 30 mars 2020 : Nous avons centralisé toutes les informations qui se sont multipliées depuis le 28 février (notamment les infos pratiques pour la France) dans un unique Dossier CoViD-19 sous forme de mini site.

 

Sommaire de ce billet d'informations générales :

Epidémies/Pandémies à nouveaux coronavirus

Présentation clinique, diagnostic et traitements

Chronologie de la pandémie

Suivi évolutif de la pandémie

Documentation internationale

Reportages video sur l'impact de la pandémie à travers le monde

 

Epidémies/Pandémies à nouveaux coronavirus :

 

Après le SARS en 2002/2003 et le MERS en 2012/2015, voici une autre épidémie dûe à un nouveau coronavirus (dénommée CoViD-19 le 11 février 2020) !

Rappel : Les coronavirus sont des  virus à ARN enveloppé appartenant à la famille des Coronaviridae, genre betacoronavirus. Chez l'homme, 4 espèces de coronavirus étaient habituellement connues (229E, NL63, OC43, et HKU1) : elles circulent habituellement chez l'homme de façon saisonnière, mais elles sont essentiellement responsables de rhumes (10 à 15% des cas dans le monde) et de pathologies respiratoires bénignes.

NB : Une superbe infographie dynamique (site Nextstrain) permet de suivre quasiment en temps réel les évolutions du genome du SARS-CoV-2 au cours de sa propagation planétaire.

 

Le taux de mortalité du nouveau virus fluctue en moyenne autour de 1%, supérieur à celui d'une grippe saisonnière (entre 0,1% et 0,3%) mais loin des 9,6 % du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère (SARS-CoV-1), qui a tué 774 personnes en 2002-2003, et très loin des plus de 30% du coronavirus du Mers (selon le Journal of Medical Virology).

Ce nouveau virus (SARS-CoV-2) est en revanche plus contagieux que ce que les premières données indiquaient début janvier. La contagiosité du virus (ou taux de reproduction de base - R0) est estimée en moyenne entre 2,2 et 2,68 (NB : ce taux est variable en fonction de facteurs spatio temporels), ce qui signifie qu’en moyenne, chaque personne malade va infecter entre 2.2 et 2.68 nouvelles personnes. Pour comparaison, le SARS-CoV-1 avait une contagiosité estimée entre 2 et 5 (NB : la grippe est à 1,3, la varicelle est à 8,5 et la rougeole à 9). Mais surtout, ce qui fait la différence entre les deux SARS-CoV, c'est que le 1 ne donnait que des formes cliniques sévères (et donc repérables) et que les patients infectés n'étaient contagieux que 3 jours après l'apparition des signes cliniques (laissant donc le temps de mettre en place des mesures d'isolement), ce qui n'est pas du tout le cas pour le 2 (voir ci après).

La période d’incubation pour le SARS-CoV-2, c’est-à-dire le délai entre l’infection et l’apparition des symptômes, n’est pas précisément connue mais varierait de 2 à 14 jours avec une durée moyenne de 5.2 jours et un 95e percentile à 12.5 jours (NB : Selon une étude chinoise sur les mille premiers malades hospitalisés à Wuhan, la durée d’incubation se situerait entre 0 et 24 jours avec une médiane de 3 jours et selon une étude réalisée sur 181 cas d'infection confirmée par le SRAS-CoV-2 détectés à l'extérieur de la province du Hubei avant le 24 février 2020, elle serait de 4 à 4,9 jours, semblable à celle du SRAS : 5 jours). Le  temps de doublement de l'épidémie serait de 6,4 à 7,5 jours (Sources : ProMED-Mail, ECDC, CDC, OMS).

La période de contagiosité n'est pas encore bien définie et il est possible qu'une personne puisse être contagieuse au moins 24h avant l'apparition des symptômes.

 

Présentation clinique, diagnostic et traitements

 

Présentation clinique :

La symptomatologie clinique est variable, avec la survenue de formes non graves (comme la présence de conjonctivites, d'infections des voies aériennes supérieures ou de syndrome pseudo-grippal avec céphalées, myalgies, asthénie et parfois diarrhées) ou d'infections respiratoires basses pauci symptomatiques (fièvre, toux, absence de dyspnée mais présence d'images compatibles avec une pneumonie radiologique) voire des formes pulmonaires graves : pneumonie hypoxémiante, SDRA.

Selon l'étude publiée dans le JAMA du 24 février 2020, 81% des formes cliniques modérées, 14% sévères (dyspnée, fréquence respiratoire ≥30/mn, SaO2≤ 93%, PiO2 <300, et/ou infiltrat pulmonaire > 50% en 24-48h), et 5% critiques (SDRA, choc septique, et/ou défaillance MV)

Les observations décrivent ainsi deux grands types de formes cliniques de l’infection à SARS-CoV-2 :

• des formes asymptomatiques, pauci-symptomatiques et des pneumonies sans signe de gravité.

• des formes graves, d’emblée ou secondairement : les aggravations observées à la fin de la première ou pendant la deuxième semaine sont décrites comme d’évolution très rapide vers des syndromes de détresse respiratoire aiguë (SDRA) et des tableaux nécessitant une prise en charge en réanimation.

NB : D’après une autre étude publiée dans le JAMA Internal Medicine, le risque de développer un SDRA chez les malades infectés par le SARS-CoV-2 dépendrait de leur capacité à développer une activation adaptée du système immunitaire. Or, un âge avancé est associé à la fois au développement du SDRA et au décès, probablement en raison de réponses immunitaires incapable d’éliminer le virus. Cette insuffisance immunitaire adaptative conduirait à un relargage massif de protéines de recrutement des cellules immunitaires, les « cytokines ». C’est cet « orage cytokinique » qui conduirait au SDRA, à la défaillance des organes cibles et à une coagulation intravasculaire disséminée, puis au décès.

 

Diagnostic :

* Test RT PCR

Technique de prélèvement en théorie :

Technique de prélèvement en pratique :

Méthode d'analyse :

NB sur la valeur des tests virologiques et serologiques :

* Tests serologiques :

Immunologie : Indications :

* Scanner thoracique

Résultat typique : images en verre dépoli, bilatérales, périphériques

 

Traitement curatif :

 

Traitement préventif :

 

Documentation et références internationales (en accès libre et gratuit)

 

Dossier de l'OMS (ONU)

Dossier de ECDC (Union Européenne)

Documentation du BMJ (UK)

Documentation de la revue Stat News (USA)

 

Chronologie de la pandémie

 

17 novembre 2019. Premier cas détecté en Chine, à Wuhan (prononciation : wou-ran), dans la région du Hubei, d’une personne de 55 ans infectée par un virus inconnu.

30 décembre 2020. Li Wenliang, ORL à Wuhan, prévient ses collègues des dangers de ce nouveau virus. Le lendemain, il est arrêté par la police et sommé de s’excuser.

31 décembre 2019. La Chine informe de cas groupés (officiellement : 59 cas entre le 12 et le 29 décembre 2019 mais selon des sources indépendantes : plus de 250 cas entre mi novembre et fin décembre) d’une infection respiratoire inconnue, en relation avec le Seafood Wholesale Market, le marché aux poissons de la ville de Wuhan (où sont aussi vendues diverses espèces d'animaux vivants). Aussitôt, Taiwan prend des mesures de quarantaine vis-à-vis des personnes arrivant sur son sol en provenance de la province chinoise du Hubei.

1er Janvier 2020. Fermeture du Seafood Wholesale Market de Wuhan.

02 Janvier 2020. Ouverture d’une veille sanitaire en France par le CORRUSS (Centre opérationnel de réception et de régulation des urgences sanitaires et sociales)

09 janvier 2020. Premier mort officiellement confirmé à Wuhan. Identification du virus responsable : un nouveau variant de coronavirus.

12 janvier 2020. La Chine partage la séquence génétique du virus.

13 janvier 2020. Premier cas officiel (importé) hors de Chine (Thailande)

15 janvier 2020. Le SNJMG ouvre sur son site Internet une veille informative sur le nouveau coronavirus

17 janvier 2020. Protocole de test diagnostique publié par l’OMS et réalisé en Allemagne.

20 janvier 2020. La Chine confirme la transmission inter humaine de la pathologie.

21 janvier 2020. Premier cas officiel aux USA (Seattle). En France, la ministre de la santé Agnès Buzyn, lors d’un point de presse, juge que « le risque d’introduction en France est faible mais ne peut pas être exclu, d’autant qu’il y a des lignes aériennes directes avec Wuhan ». Elle ajoute : « Notre système de santé est bien préparé, professionnels et établissements de santé ont été informés. »

22 janvier 2020. Le comité d’urgence de l’OMS reconnait « l’urgence de la situation ». Obligation du port du masque à Wuhan.

23 janvier 2020. Début du confinement à Wuhan. Suspension des liaisons aériennes Paris-Wuhan.

24 janvier 2020. Trois premiers cas (importés de Chine) sont recensés en France, les premiers en Europe. La ministre de la santé Agnès Buzyn déclare : « Le risque d’importation depuis Wuhan était modéré. Il est maintenant pratiquement nul, puisque la ville, vous le savez, est isolée. Les risques de propagation dans la population [française] sont très faibles. » (NB : l'analyse des mutations génétiques du virus démontrera plus tard que le coronavirus circulait sur le territoire français déjà à bas bruit en janvier 2020 parmi des personnes asymptomatiques ou pauci symptomatiques)

25 janvier 2020. La région entière de Hubei, soit près de 60 millions d’habitants, est placée en quarantaine. Premier cas officiel en Océanie (Australie).

26 janvier 2020. La Chine annonce que des malades asymptomatiques peuvent transmettre le virus. En France, la ministre de la santé Agnès Buzyn rassure sur le stock de masques : « Nous avons des dizaines de millions de masques en stock en cas d’épidémie, ce sont des choses qui sont d’ores et déjà programmées. Si un jour nous devions proposer à telle ou telle population ou personne à risque de porter des masques, les autorités sanitaires distribueraient ces masques aux personnes qui en auront besoin. »

28 janvier 2020. Premier cas officiel de contamination entre individus en Europe (Allemagne). L’Union européenne active son dispositif de crise, qui vise principalement à partager les informations entre États membres.

29 janvier 2020.  Louis Gautier, ancien secrétaire général de la défense et de la sécurité nationale (SGDN), confie à L’Obs : « Je ne comprends pas : pourquoi n’ont-ils pas encore déclenché le plan pandémie ? On perd un temps précieux ! » 

30 janvier 2020. L’OMS déclare « l’urgence de santé publique de portée internationale » (USPPI). « Cette déclaration n’est pas due à ce qui se passe en Chine, mais à ce qui se passe dans les autres pays, commente le directeur général de l’OMS. Notre plus grande préoccupation est la possibilité que le virus se propage dans des pays dont les systèmes de santé sont plus faibles. »  Si L’OMS « s’oppose à toute restriction aux voyages », l’Italie suspend ses vols avec la Chine. En France, la Direction générale de la santé (DGS) demande à l’agence Santé publique France d’acquérir « dès que possible » 1,1 million de masques FFP2.

31 janvier 2020. Premier rapatriement par avion de Français présents à Wuhan, avec organisation de mises en quatorzaine dans le sud de la France (région PACA). Marie Fontanel quitte son poste à l’Élysée de conseillère solidarités et santé d’Emmanuel Macron pour s’installer à Strasbourg, où son époux est le candidat LREM à l’élection municipale. Elle ne sera remplacée que le 1er mars 2020.

1er février 2020. Tous les pays de l’espace Schengen, sauf la France, suspendent les visas avec la Chine.

05 février 2020. Un article de Science évoque le risque de pandémie et de surcharge des réanimations devant le nombre de cas graves

03 février 2020. Dans le document « Préparation stratégique et plan de réponse », l’OMS écrit : « Tous les pays sont exposés au risque et doivent se préparer. » L’OMS rappelle la nécessité de gérer l’approvisionnement et les chaînes logistiques, entre autres, de matériels médicaux. 

06 février 2020. Li Wenliang, infecté par le coronavirus, meurt dans un hôpital de Wuhan.

07 février 2020. Nouvelle demande de la DGS à SPF. Il s’agit cette fois d’acquérir 28,4 millions de FFP2, à travers « une procédure accélérée d’achat ». 

08 février 2020. Cinq nouveaux cas d’infection sont détectés en France dans un chalet des Contamines-Montjoie (Haute-Savoie). « Le cas initial nous a été signalé hier soir. Il s’agit d’un ressortissant britannique de retour de Singapour où il avait séjourné du 20 au 23 janvier », explique Agnès Buzyn. « L’ensemble des cas positifs et les contacts de ce ressortissant britannique, tous de nationalité britannique, ont été hospitalisés cette nuit dans trois hôpitaux à Lyon, Saint-Étienne et Grenoble », a précisé la ministre. Les autorités retracent les contacts étroits de ces personnes.

10 février 2020. Le Président des USA, Donald Trump, annonce la fin de l'épidémie d'ici 2 mois : “Bon, ce virus, il y a plein de gens qui pensent qu’il disparaîtra en avril avec la chaleur, avec le retour de la belle saison. D’habitude, ça s’en va en avril. En attendant, on gère très bien. On n’a que douze cas. Onze, et la plupart se sont rétablis.”

12 février 2020. Sur les 28,4 millions de masques commandés, SPF n’en a reçu que 500 000 et en a commandé 250 000 autres, pas encore livrés.

14 fevrier 2020. Premier cas officiel en Afrique (Egypte). Premier mort en France (un touriste chinois, agé de 80 ans), le premier hors d’Asie.

16 février 2020. Agnès Buzyn démissionne du ministère de la santé pour prendre la tête de liste de la campagne municipale LREM à Paris. Elle est remplacée par Olivier Véran.

17 février 2020. Début du rassemblement évangélique de l’Église Porte ouverte chrétienne à Mulhouse, qui a réuni de 2 000 à 2 500 personnes jusqu’au 21 février.

18 février 2020. Olivier Véran sur France Inter : « La France est prête car nous avons un système de santé extrêmement solide. »

21 février 2020. Premières mesures de confinements en Italie, dans la région de Codogno, en Lombardie.

22 février 2020. Le directeur général de l’OMS avertit que « la fenêtre d’opportunité pour contenir l’épidémie se rétrécit ».

25 février 2020. Premier décès officiel "non importé" en France : c’est un enseignant de Crépy-en-Valois et conseiller municipal de Vaumoise, dans l’Oise.

28 février 2020. L’OMS appelle les États à agir vite: il faut « adopter une approche englobant ‎l’ensemble du gouvernement et l’ensemble de la société. Ce n’est pas ‎un travail pour le seul ministère de la santé ». En France, le SNJMG publie une version développée de ses informations sur la gestion du CoViD-19 en Médecine Générale.

29 février 2020. Réunion en France d’un conseil des ministres exceptionnel consacré à la crise du Covid-19… mais qui autorise également le recours au 49-3 pour faire passer sans vote le projet de loi de réforme des retraites en examen à l’Assemblée nationale. A la sortie du conseil, le ministre de la Santé annonce le passage au stade 2 de l’épidémie et l'annulation des manifestations de plus de 5.000 personnes dans des lieux fermés.

2 mars 2020. Le directeur de l’OMS avertit : « Avec des mesures précoces et agressives, les pays peuvent arrêter la transmission et sauver des vies. »

3 mars 2020. En Grande Bretagne, lors d'une conférence de presse, le Premier ministre conservateur de 55 ans, Boris Johnson, fanfaronne : il a "serré la main à tout le monde" en visitant un hôpital où se trouvaient des malades du Covid-19. En France, sur proposition du président de la République, le Premier ministre réquisitionne par décret l’ensemble des stocks et productions de masques sur le territoire national "afin de préserver les ressources en masques de protection dans le cadre de la lutte contre le COVID-19"

4 mars 2020. L’Italie compte 3 100 cas officiels d’infections et décide de la fermeture des écoles. Sibeth Ndiaye, porte-parole du gouvernement, sur France Inter : « On ne fermera pas toutes les écoles de France. » 

6 mars 2020. Emmanuel Macron et son épouse se montrent au théâtre. « Si on prend des mesures qui sont très contraignantes, ce n’est pas tenable dans la durée. » Les pharmacies reçoivent l’autorisation de fabriquer du gel hydroalcoolique, la pénurie se généralisant.

8 mars 2020. Le président du Conseil italien Giuseppe Conte place en quarantaine les régions italiennes les plus touchées, avant d’étendre le lendemain le confinement à l’ensemble du pays.

9 mars 2020. Rassemblements de plus de 1 000 personnes interdits en France.

10 mars 2020. En France, création d’un conseil scientifique chargé de conseiller le président de la République sur la gestion de la pandémie (NB : quelques jours plus tard, le HCSP fait un communiqué rappelant que c’est sa mission). Tous les pays de l’Union européenne sont désormais officiellement touchés par le Covid-19.

11 mars 2020. L’OMS déclare officiellement l’état de pandémie : « Nous sommes très inquiets par les niveaux de diffusion et de dangerosité, ainsi que par les niveaux alarmants de l’inaction de la communauté internationale », indique son directeur général. En France, le ministre de la Santé, Olivier Véran, annonce : « Les enfants ne constituent pas un public fragile, il ne faut donc pas avoir peur de les envoyer à l’école. » En revanche, il annonce l’interdiction de toutes les visites dans les Ehpad.

12 mars 2020. Le matin, Jean-Michel Blanquer, ministre de l’éducation, déclare : « Nous n’avons jamais envisagé la fermeture totale des écoles. » Le soir, le président de la République annonce la fermeture des écoles, collèges, lycées et universités. Emmanuel Macron annonce également le maintien du premier tour de l’élection municipale : les scientifiques « considèrent que rien ne s’oppose à ce que les Français, même les plus vulnérables, se rendent aux urnes », assure-t-il, ce qui n’est pas ce que dit l’avis du conseil scientifique du 12 mars, qui précise que « cette décision éminemment politique ne pouvait lui incomber » (NB : il semblerait que le Président était personnellement favorable à l’annulation du premier tour mais qu’il a finalement cédé à la pression du Premier ministre, du président du Sénat et de responsables des différentes oppositions).

14 mars 2020. Intervention en France du premier ministre Édouard Philippe pour annoncer le passage au stade 3 de l’épidémie et la fermeture à minuit de tous les lieux de regroupements non indispensables (cafés, restaurants, cinémas, discothèques…). Les magasins alimentaires, pharmacies, banques, bureaux de tabac, stations-essence restent ouverts.

15 mars 2020. Premier tour des élections municipales en France. L’Espagne décide d’un confinement général.

16 mars 2020. L’OMS insiste sur « un message simple : testez, testez, testez ! Isolez les personnes positives et remontez leurs chaînes de contacts ». L’Europe annonce la fermeture de ses frontières extérieures pour un mois minimum. En France, le président de la République, annonce pour le lendemain midi un confinement pour au moins 15 jours : « Nous sommes en guerre ». Il annonce également le report du second tour des élections municipales.

17 mars 2020. Avant l’entrée en vigueur du confinement en France, plus d’un million de personnes ont quitté l’Île-de-France. Quant à la pénurie de masques, Olivier Véran se veut catégorique : « Nous avons assez de masques aujourd’hui pour permettre aux soignants d’être armés. Nous avons suffisamment de masques FFP2 pour faire face aux besoins hospitaliers et pour équiper les infirmières ou les médecins libéraux. ». De son coté, la porte-parole du gouvernement, Sibeth Ndiaye, précise : « Les Français ne pourront pas acheter de masque dans les pharmacies, car ce n'est pas nécessaire si l'on n'est pas malade. »

18 mars 2020. Jean-François Delfraissy, président du conseil scientifique, reconnaît dans un entretien à France 2 que la stratégie adoptée par le pouvoir est une stratégie par défaut, adaptée à la pénurie de moyens (masques, tests) : le manque de tests est « un vrai problème ».

21 mars 2020. L’Italie décide d’interrompre toutes les activités économiques non essentielles. L’Espagne fait de même une semaine après, le 28 mars. En France, le SNJMG publie une fiche synthétique sur la prise en charge des patients suspects de CoViD-19, reprenant ses informations précédentes et les recommandations du HCSP et du College de MG.

22 mars 2020. En France, adoption de la loi sur l’état d’urgence sanitaire qui autorise le gouvernement à gouverner par ordonnances jusqu'au 24 mai 2020.

23 mars 2020. Le confinement est décrété pour trois semaines en Grande Bretagne. En France, un décret remplace celui du 3 mars sur la réquisition des masques : Si les masques produits sur le territoire national restent réquisitionnés jusqu’au 31 mai, il n’en n’est pas de même pour les masques importés. Au-delà d’une importation de 5 millions de masques par trimestre, une demande d’importation doit être adressée au ministère de la Santé, qui a alors 72 heures pour dire s’il réquisitionne partiellement ou totalement la commande. En l’absence de réponse dans ce délai, les masques ne pourront être réquisitionnés.

25 mars 2020. En France, Sibeth Ndiaye, porte-parole du gouvernement déclare : « Il n’y a pas besoin d’un masque quand on respecte la distance de protection vis-à-vis des autres. » Le soir même, Emmanuel Macron visite l’hôpital de campagne de Mulhouse avec un masque FFP2 sur le visage.

27 mars 2020. Dans un entretien à la revue Science, Georges Gao, qui dirige la plus haute autorité de santé en Chine, le Chinese Center for Disease, met en garde : « La grande erreur aux États-Unis et en Europe est, à mon avis, que la population ne porte pas de masque. » « Il faut porter un masque. » Quatre pays d’Europe centrale (République tchèque, Slovaquie, Autriche et Slovénie) ont rendu le port du masque obligatoire dans l’espace public.En France, le premier ministre prolonge le confinement national au moins jusqu'au 15 avril.

30 mars 2020. En France, le SNJMG rassemble toutes ses informations sur CoViD-19 dans un mini site dédié.

1er avril 2020. En France, le premier ministre, Édouard Philippe, affirme qu'il n'y a « pas de preuve que le port du masque dans la population apporterait un bénéfice. Ce serait même plutôt le contraire, à cause d’une mauvaise utilisation. »

3 avril 2020. En France, le directeur général de la Santé, Jérôme Salomon, déclare : « Si nous avons accès à des masques, nous encourageons effectivement le grand public, s’il le souhaite, à en porter. »

05 avril 2020. En Grande Bretagne, le Premier ministre, Boris Johnson, infecté par le coronavirus est hospitalisé "à titre de précaution" : il passera 3 jours en soins intensifs et sortira d'hospitalisation le 12 avril 2020

8 avril 2020. En France, le ministre de la Santé, Olivier Véran, déclare dans un entretien au journal Le Monde : « Depuis le premier jour de la crise épidémique, nous avons décidé d’être dans l’anticipation, c’est-à-dire de disposer au moment opportun de tous les moyens possibles pour lutter contre la diffusion du virus. »

13 avril 2020. En France, le Président de la République, annonce, si les conditions le permettent, la réouverture progressive des crèches, écoles, collèges et lycées et le début du déconfinement à compter du 11 mai 2020.

23 avril 2020. Le Président des USA, Donald Trump, formule des hypothèses thérapeutiques : « Je vois le désinfectant qui le neutralise en une minute. Est-ce qu'on pourrait faire quelque chose comme ça, avec une injection à l'intérieur ou… ? (...) Ça serait intéressant de tester ça ».

26 avril 2020. En France, un arrêté autorise la vente de masques dits « grand public » ou « alternatifs » dans les pharmacies.

28 avril 2020.  Le matin, le SNJMG publie un communiqué avec la Quadrature du Net pour s’opposer au projet d’application StopCoviD. L’après midi, le premier ministre Édouard Philippe présente le plan du gouvernement pour le 11 mai 2020 et le début du dé confinement. Mais il reporte le vote sur l’application StopCovid : « Je serais bien en peine de vous dire comment [l’application] fonctionne, et comment elle fonctionnera précisément. Les ingénieurs travaillent d’arrache-pied pour faire fonctionner ce projet, mais tant que ce n’est pas le cas, le débat est prématuré ».

30 avril 2020.  En France, le Pr Salomon, DGS, et Olivier Véran, ministre de la Santé, présentent la première carte indicative des départements en vue du dé confinement. Il apparaît qu’au moins trois départements soient l’objet d’erreurs de calculs…

 

Vidéos sur l'impact mondial de la pandémie