Le Service de Santé des Armées reposait en grande partie sur le service militaire, les appelés représentant à l'époque 27% des médecins de l'armée, 63% des pharmaciens, 75% des vétérinaires, 92% des chirurgiens-dentistes et 15% des infirmiers, selon un rapport de la commission de la défense présenté le 30 octobre à l'Assemblée nationale. Mais, selon l'auteur du rapport, le député UMP Christian Ménard, le dispositif hospitalier militaire, depuis le début de la professionnalisation de l'armée lancée en 1997, "a été réduit de moitié, passant de 5.600 à 3.200 lits", et a vu fermer neuf centres hospitaliers de l'armée. Prenant l'exemple de l'armée de terre, M. Ménard rappelle que le déficit en médecins militaires est de 14%, et qu'il y manque également 17% d'infirmiers et 70% d'infirmiers de blocs opératoires diplômés d'Etat. Il cite l'exemple du service de pneumologie de l'hôpital Percy de Clamart (Hauts-de-Seine) où "seuls 20 lits sur 45 sont ouverts" et où 20 des 53 lits de psychiatrie sont ouverts "en raison de l'impossibilité de respecter les normes d'encadrement au lit du malade". Selon une enquête publiée fin octobre par le Figaro, le SSA enregistre un déficit total de 1.420 personnes, et assiste chaque année à des départs massifs de ses médecins vers le secteur privé, plus lucratif. Pour Christian Ménard, qui a planché sur le sujet à la demande du président de la commission de la défense à l'Assemblée Guy Teissier, la parade pourrait venir d'une "meilleure reconnaissance des qualifications et des emplois en facilitant l'accès des infirmiers spécialisés au corps des officiers", d'un développement de l'accueil des étudiants civils dans les hôpitaux militaires et d'une "suppression des disparités injustifiées entre les paramédicaux militaires". La loi de programmation militaire 2003-2008, présentée en septembre dernier, prévoit de son côté la création de 220 postes d'élèves officiers médecins militaires, et de 350 postes de sous-officiers dans les deux prochaines années, infirmiers et techniciens des hôpitaux des armées.

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